6.1. auto_kappa package

Subpackages

• auto_kappa.alamode package
  • Subpackages
    • auto_kappa.alamode.tools package
      • Submodules
      • Module contents
  • Submodules
    • auto_kappa.alamode.almcalc module
    • auto_kappa.alamode.compat module
    • auto_kappa.alamode.displacements module
      • adjust_random_displacements()
      • generate_displaced_structures()
    • auto_kappa.alamode.errors module
      • check_unexpected_errors()
      • found_rank_deficient()
      • is_fc_given()
    • auto_kappa.alamode.gruneisen module
    • auto_kappa.alamode.helpers module
    • auto_kappa.alamode.io module
      • get_status()
      • wasfinished_alamode()
      • write_displacement_info()
    • auto_kappa.alamode.log_parser module
      • AkLog
      • exceed_memory()
      • get_ak_logs()
      • get_eigenvalues_from_logfile()
      • get_kpath()
      • get_minimum_frequency_from_logfile()
      • get_parser()
      • get_version()
      • main()
      • read_log_eigen()
      • read_log_fc()
      • read_log_fc2()
      • read_log_forces()
      • read_log_kappa()
      • read_log_kappa_each()
      • read_log_lasso()
      • read_log_nac()
      • read_log_relax()
      • read_log_suggest()
    • auto_kappa.alamode.memory module
      • get_used_memory()
      • is_node_busy()
    • auto_kappa.alamode.parameters module
      • set_parameters_evec()
      • set_parameters_kappa()
    • auto_kappa.alamode.pes module
    • auto_kappa.alamode.plotter module
    • auto_kappa.alamode.runjob module
      • run_alamode()
  • Module contents
• auto_kappa.almlog package
  • Submodules
    • auto_kappa.almlog.core module
      • ALMLOG
      • read_alamode_log()
    • auto_kappa.almlog.dmatrix module
      • read_dmatrix()
    • auto_kappa.almlog.fcs module
      • read_fcs()
    • auto_kappa.almlog.frequencies module
      • read_frequencies()
    • auto_kappa.almlog.interaction module
      • Atom
      • NeighborAtoms
      • PairAtoms
      • read_interaction()
    • auto_kappa.almlog.kpoint module
      • read_kpoints()
    • auto_kappa.almlog.structure module
      • read_structure()
    • auto_kappa.almlog.symmetry module
      • read_symmetry()
    • auto_kappa.almlog.system module
      • read_system()
    • auto_kappa.almlog.utils module
      • extract_afterward_lines()
      • extract_lines_with_index()
      • get_position_list()
      • parse_data_line()
      • read_section()
      • replace_symbols_to_blank()
    • auto_kappa.almlog.variables module
      • read_variables()
  • Module contents
• auto_kappa.calculators package
  • Submodules
    • auto_kappa.calculators.alamode module
    • auto_kappa.calculators.compat module
      • remove_old_kappa_data()
    • auto_kappa.calculators.kmesh_int module
      • get_kmesh_interpolate()
    • auto_kappa.calculators.scph module
    • auto_kappa.calculators.vasp module
  • Module contents
• auto_kappa.cui package
  • Submodules
    • auto_kappa.cui.ak_log module
      • end_autokappa()
      • negative_frequency()
      • print_conditions()
      • print_cpu_info()
      • print_hostname()
      • print_options()
      • print_os_info()
      • print_space_group()
      • print_system_info()
      • print_times()
      • rerun_with_omp()
      • set_logging()
      • start_autokappa()
      • start_larger_supercell()
      • symmetry_error()
      • write_parameters()
    • auto_kappa.cui.ak_parser module
      • get_parser()
    • auto_kappa.cui.ak_scripts module
    • auto_kappa.cui.compat module
      • check_ak_options()
    • auto_kappa.cui.initialization module
    • auto_kappa.cui.suggest module
  • Module contents
• auto_kappa.io package
  • Submodules
    • auto_kappa.io.alm module
      • AlamodeInput
      • AlmInput
      • AnphonInput
      • calc_g2_factor()
      • get_alamode_variables_from_structure()
      • get_isofact_info()
      • get_kpoint_path()
      • get_mass_info()
      • proc_val()
      • read_alamode_input()
      • read_structure_from_file()
    • auto_kappa.io.analyzer module
    • auto_kappa.io.band module
      • Band
      • SCPHBand
      • get_band_section_indices_labels()
      • get_eigen()
      • get_nk_nbands()
      • get_normal_bands()
      • get_scph_bands()
      • get_symmetry_points_from_file()
      • get_symmetry_points_from_string()
    • auto_kappa.io.born module
    • auto_kappa.io.dos module
    • auto_kappa.io.fcs module
    • auto_kappa.io.files module
      • convert_numpy()
      • extract_data_from_file()
      • write_output_yaml()
    • auto_kappa.io.gruneisen module
    • auto_kappa.io.isotope module
    • auto_kappa.io.kl module
    • auto_kappa.io.participation module
    • auto_kappa.io.phonondb module
    • auto_kappa.io.result module
    • auto_kappa.io.scattering module
    • auto_kappa.io.suggest module
    • auto_kappa.io.thermo module
    • auto_kappa.io.times module
    • auto_kappa.io.vasp module
  • Module contents
• auto_kappa.math package
  • Submodules
    • auto_kappa.math.statistics module
      • get_bose()
      • get_diffrential_statistics()
      • get_diffrential_statistics2()
      • get_fd()
      • get_statistical()
  • Module contents
• auto_kappa.parameters package
  • Module contents
• auto_kappa.plot package
  • Submodules
    • auto_kappa.plot.bandos module
      • plot_bandos_for_different_sizes()
      • set_xticks_labels()
    • auto_kappa.plot.fitting module
      • plot_bm_result()
    • auto_kappa.plot.initialize module
      • get_both_axis()
      • get_customized_cmap()
      • make_figure()
      • prepare_bandos_axes()
      • prepare_two_axes()
      • sci2text()
      • set4bandos()
      • set_axis()
      • set_axis_lim()
      • set_legend()
      • set_matplot()
      • set_second_axis()
      • set_spaces()
    • auto_kappa.plot.pltalm module
      • plot_all_kappa()
      • plot_cumulative_kappa()
      • plot_cvsets()
      • plot_times_with_pie()
      • savefigure()
  • Module contents
• auto_kappa.structure package
  • Submodules
    • auto_kappa.structure.comparison module
      • atoms_equal()
      • cells_equal()
      • generate_mapping_s2p()
      • get_structure_matcher()
      • match_structures()
    • auto_kappa.structure.crystal module
      • get_atomic_distance_list()
      • get_automatic_kmesh()
      • get_commensurate_points()
      • get_formula()
      • get_primitive_structure_spglib()
      • get_spg_number()
      • get_standardized_structure()
      • get_standardized_structure_spglib()
      • get_supercell()
      • get_symmetry_dataset()
      • get_transformation_matrix_prim2scell()
      • inverse_transformation()
      • transform_prim2unit()
      • transform_unit2prim()
    • auto_kappa.structure.supercell module
      • estimate_supercell_matrix()
    • auto_kappa.structure.two module
      • adjust_vacuum_size()
      • check_2d_structure()
      • estimate_supercell_matrix_2d()
      • get_diagonal_length()
      • get_normal_index()
      • get_thickness()
      • is_perpendicular()
      • print_2d_system_notation()
      • print_length_info()
      • set_center()
      • set_vacuum_to_2d_structure()
      • suggest_fc2_cutoff()
      • switch_abc_axis()
    • auto_kappa.structure.utils module
      • change_structure_format()
      • get_transformation_matrix()
  • Module contents
• auto_kappa.utils package
  • Submodules
    • auto_kappa.utils.config module
      • deep_update()
      • get_potcar_setups()
      • get_vasp_parameters()
      • get_vasp_parameters_by_mode()
      • get_xc()
      • load_default_config()
      • load_user_config()
    • auto_kappa.utils.isotopes module
    • auto_kappa.utils.system module
      • get_cpu_info()
      • get_cpu_model()
      • get_os_info()
      • run()
    • auto_kappa.utils.version module
      • get_output()
      • get_version()
  • Module contents
• auto_kappa.vasp package
  • Submodules
    • auto_kappa.vasp.kmesh module
    • auto_kappa.vasp.params module
      • get_amin_parameter()
      • get_number_of_errors()
      • get_previous_parameters()
      • get_symprec()
      • reflect_previous_jobs()
    • auto_kappa.vasp.relax module
  • Module contents

Submodules

• auto_kappa.apdb module
• auto_kappa.compat module
  • get_previously_used_structure()
• auto_kappa.units module
• auto_kappa.version module

Module contents